先有騎士團的教堂
聖約翰教堂原是聖約翰騎士團（Order of St John，即馬爾他騎士團）的會院教堂，由大團長拉卡西耶爾（Jean de la Cassière）主持興建，吉羅拉莫・卡薩爾（Girolamo Cassar）設計。工程於1573至1577年間進行，1578年祝聖。它奉祀施洗者聖約翰，後來的繪畫與裝飾也沿着這位聖人的生平展開。這座教堂首先為騎士團的宗教生活而設；今日的名稱與內部裝飾，則經數百年逐步形成。
「副主教座堂」（co-cathedral）並不是指主教座堂的附屬建築，而是說這座教堂與另一座教堂共享主教座堂地位。聖約翰教堂於1816年獲教宗承認這一地位，與姆迪納（Mdina）的聖保祿主教座堂（St Paul’s Cathedral）並列。原來的騎士團會院教堂，因而增添了這項職能；第四日到姆迪納，便會見到另一座主教座堂。
從拱頂看到腳下
樸實的外牆與繁麗的內部，分屬不同的營造階段。卡薩爾的建築保留了十六世紀晚期的節制；進到室內，十七、十八世紀陸續增添的巴洛克裝飾卻幾乎鋪滿視野。馬蒂亞・普雷蒂（Mattia Preti）於1661至1666年間繪製拱頂，以一連串場景講述施洗者聖約翰的生平。人物隨拱面的弧度展開，沿着中殿往前走，視線也跟着故事移動。
兩旁小堂與騎士團的「語言支部」（langues）有關。這些支部按成員的地域及語言背景組成，各自贊助所屬小堂。祭壇、紋章與紀念像顯示了各支部的分工；同屬一個騎士團的成員，也保留着各自的出身與聯繫。
腳下數以百計的彩色大理石墓碑，則把名字留在教堂裏。紋章、冠飾與拉丁銘文記下出身和功績，骷髏、骨骸與沙漏又提醒人生命有盡。走路時容易把它們看成拼花地板，停下來才見每一塊都在紀念某個人。生前的地位與身後的記憶，就這樣成了今日遊人踏過的路面。
紋章背後的家族與財富
墓碑上的家族紋章，背後還有一段歐洲貴族的家族史。十六、十七世紀，不少家庭會安排較年幼的兒子加入騎士團，讓他們在宗教與軍事生活中取得身份、職位和聲望，也配合家產與婚姻的安排。入團通常涉及家世審查和費用，並非有錢便能買到騎士資格。
這些家庭為騎士團帶來人脈和資金，但它的財力還建基於歐洲各地長年累積的莊園與物業。農產、租金和各地領區上繳的收入，支持着騎士團的運作；此外亦有捐贈、入團費、成員遺產，以及貿易和海上劫掠所得。島上教堂的裝飾與紋章，也連着遠方的土地、家庭與財富。
卡拉瓦喬為何來到馬爾他
卡拉瓦喬來到這裏時，已是成名的畫家，也是一名逃亡者。1606年，他在羅馬一場衝突中殺死拉努喬・托馬索尼（Ranuccio Tomassoni），其後離開羅馬，在拿坡里（Naples）工作，至1607年7月抵達馬爾他。這趟南行並非普通遊歷：離開羅馬後，他在南方尋求新的委託與有權勢者的庇護。
當時管治島嶼的大團長維尼亞庫爾（Alof de Wignacourt）成為他的贊助人。今日藏於羅浮宮的《維尼亞庫爾與侍童》，留下了兩人的往來。1608年7月，卡拉瓦喬獲接納為騎士團成員。這次接納得到教宗許可，卻不等於他在羅馬的罪名已獲赦免。他有了騎士身份，仍未擺脫逃亡的處境。
至於他為何偏偏選中馬爾他、由誰牽線安排，學界仍有爭論。較能確定的是，騎士團讓他在逃亡途中找到重要的贊助與身份。因此，不宜把這段經過簡化為「來島畫一幅畫，便可換取赦免」；藝術委託、騎士資格與赦罪，是幾件彼此有關、卻不能畫上等號的事。
為這間小禮拜堂而畫
《施洗者聖約翰被斬首》（The Beheading of St John the Baptist）完成於1608年，原為教堂旁的小禮拜堂（Oratory）而作，至今仍在這個場所展出。這裏曾供初學成員接受宗教訓練，也舉行祈禱及騎士團儀式。畫作闊約5.2米，是卡拉瓦喬尺幅最大的作品；照片中，巨畫佔據祭壇後方牆面的中心，大小與位置都配合着這間房的用途。
題材出自福音書：聖約翰批評希律與希羅底的婚姻而遭囚禁；宴會上，希羅底的女兒在母親唆使下，要求以聖約翰的頭作賞賜。卡拉瓦喬沒有畫宴飲與舞蹈，而把場景放在監獄旁，直面行刑的一刻。對奉施洗者聖約翰為主保的騎士團而言，這既是聖經故事，也是反覆祈禱與默想的對象。
斬首尚未完成的一刻
細看這幅畫
選一處細節，對照它在全圖中的位置，再看放大的局部。
選一處細節，查看局部放大圖和說明；上方仍可看到全幅畫作。
聖約翰伏在地上，劊子手俯身按住他，另一手在背後握着短刀；旁邊的年輕女子拿着托盤等候，老婦人則把雙手舉到頭旁。人物集中在左下方，右邊仍留着大片監獄牆面，窗後有兩人探看。光落在人與衣料上，四周卻暗而空，使視線停在尚未完成的行刑上。
卡拉瓦喬把簽名寫在地上的血跡裏。這是目前已知唯一有他簽名的畫作；姓名前的「f.」通常解作 fra，即「弟兄」，與他當時的騎士團身分有關。有人由此聯想到悔罪，但這仍是對畫作的解讀，不能當作畫家的自白。
入獄、逃離與除名
騎士身份維持得很短。1608年8月，卡拉瓦喬捲入一場涉及多名騎士的衝突，其後被囚於聖安傑洛堡（Fort St Angelo）；至同年10月初，他已逃離馬爾他，前往西西里。畫家曾被囚的聖安傑洛堡，也在旅程第三日出現：從海港邊，可以望見它的厚牆。
12月1日，騎士團在他缺席的情況下將他除名，儀式就在《施洗者聖約翰被斬首》前舉行。畫作留在這裏，作者卻已離開；他後來輾轉返回拿坡里，1610年去世，未能再踏足羅馬。畫是為這間小禮拜堂所作；照片中周圍的華麗裝飾，則由幾代人先後增添，包括普雷蒂等人後來的改造。